הליגה הערבית חוותה מאז הקמתה ולאורך השנים מס' משברים ומחלוקות בין חברות הארגון, אשר חלקם נגעו ליחסים של מדינות ערב עם ישראל ואחרים למאבקים ומלחמות בין מדינות ערב.

בהקשר זה ניתן לציין את המחלוקות אשר נוצרו בעקבות התקשרותה של מצרים, המדינה המארחת של הליגה, בהסכם שלום עם ישראל בשנת 1979, צעד אשר הביא להרחקתה של קהיר מהארגון, אליו התקבלה בחזרה כעבור עשר שנים.

בנוסף, בעקבות הפלישה של עיראק לכווית ופתיחתה של מלחמת המפרץ במעורבותה של ארה"ב יצא הארגון בתקיפות כנגד צעדיו של סדאם חוסיין ואף סייע לכוחות האמריקאים במלחמתם מול בגדד.

לבד מהאמור ניתן לציין בנוסף את השעייתן הזמנית של לוב וסוריה מהארגון על רקע מלחמות האזרחים אשר התחוללו בשטחיהן והאמצעים בהם עשו שימוש מועמר קדאפי ובשאר אל-אסד במאבקם כנגד האזרחים.

לוב וסוריה חזרו לשורותיה של הליגה הערבית מס' שנים מאוחר יותר, כאשר חידוש חברותה של דמשק התרחש לאחר ניצחונו של משטר אסד על ארגוני האופוזיציה והשתלטותו מחדש על מרבית שטחי המדינה בסיוע ועזרה של רוסיה ואיראן.

בהמשך לכך, במהלך חידוש המתקפה של פלגי האופוזיציה כנגד אסד ובעלי בריתו בסוריה במחצית השניה של שנת 2024, משטרו הופל ונשיא סוריה ברח מהמדינה.